由于甲醇汽油本身就具有腐蚀性，如果不是特定玩加电竞的甲醇汽车，长期使用甲醇汽油会导致发动机相关部件被腐蚀，从而降低汽车发动机的耐用性和稳定性。

　　甲醇汽油的燃烧热值不高。普通燃油车加注甲醇汽油后，发动机的热效率会下降，车辆的动力性能也会下降。这种现象在冬季的低温环境中尤为明显。

　　因为加注甲醇汽油后发动机的动力输出会下降，想要获得足够的动力只能增加踩油门踏板的次数和深度，这样会增加发动机的油耗。

　　甲醇发动机的动力主要是消耗甲醇燃料，是一种相对清洁的能源。与传统的汽油内燃机相比，甲醇发动机基本上只排放二氧化碳和水。虽然会排放少量的一氧化碳，但其环保程度仍远高于传统内燃机。

　　虽然甲醇汽油的燃烧热值不高，需要消耗更多的燃料才能获得与汽油相同的燃烧热效率，但由于甲醇燃料的价格相当低廉，贵州甲醇汽油最低价格仅为3元/升，因此甲醇发动机的综合燃油经济性相当不错。

　　因为甲醇的蒸汽压比汽油低很多，而且蒸汽的挥发性比汽油小，而且甲醇发动机产生的蒸汽比例非常高，所以发动机起火、爆燃等危险的可能性也很大降低。

　　像一些特定的甲醇发动机，只能加注指定牌号的甲醇汽油。目前，我国甲醇汽油加气站普及率较低，并非每个加气站都有指定牌号的燃油以满足不同的甲醇发动机。

　　虽然甲醇发动机对甲醇汽油进行了特殊处理，降低了甲醇汽油的腐蚀性，但由于发动机的密封件仍需使用塑料、橡胶等材料，长期使用后发动机的密封性能会下降，这可能会导致甲醇汽油泄漏。